Oxidative und nicht oxidative Biozid-Produkte unterscheiden sich hauptsächlich durch den Wirkmechanismus. So wirken oxidative Biozide meist schnell und es ist keine Resistenzbildung von Mikrobiologie möglich. Bei Überdosierungen von oxidativen Desinfektionsmitteln können jedoch erhöhte Korrosionsraten die Folge sein. Außerdem kann die Wirksamkeit von oxidativen Bioziden durch Metallionen, UV-Licht und organische Substanzen negativ beeinflusst werden. Oxidative Produkte kommen meist bei geringen theoretischen Verweilzeiten des Kühlwassers im Kühlsystem, z. B. bedingt durch hohe Verdunstungsleistungen eines Kühlturms und einem geringen Wasservolumen des Systems, zum Einsatz. Das liegt daran, dass diese schneller gegen Legionellen und Mikrobiologie wirken.
Nicht oxidative Produkte benötigen dagegen eine gewisse Einwirkzeit. Außerdem ist es möglich, dass Legionellen bei nicht oxidativen Desinfektionsmitteln Resistenzen gegen das jeweilige Biozid aufbauen. Ein wesentlicher Vorteil von nicht oxidativen Bioziden ist eine von pH-Wert und Wassertemperatur abhängige, teilweise lange Halbwertszeit. Somit können nicht oxidative Produkte das Kühlwasser lange Zeit vor Mikrobiologie wie Legionellen schützen. In diesem Fall wirken sie also nicht nur keimtötend, sondern auch präventiv. Nicht oxidative Biozide werden in der Regel bei hohen theoretischen Verweilzeiten des Kühlwassers im Kühlsystem, z. B. bedingt durch geringe Verdunstungsleistungen eines Kühlturms und einem hohen Wasservolumen des Systems, eingesetzt. Auch bei geschlossenen Kreisläufen sind nicht oxidierende Produkte oft die bessere Wahl. Bei diesen Bioziden sollte allerdings Wert daraufgelegt werden, dass die Wirksamkeit gegen Legionellen gemäß DIN EN 13623 geprüft wurde.
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